Se habla mucho sobre la contaminación de los ríos, producto de la actividad de la minería informal en Madre de Dios. Sin embargo, en el mismo Puerto Maldonado, a vista y paciencia de las autoridades, el río Tambopata es infectado por las aguas servidas del sistema de alcantarillado público de la ciudad. Pese a las exigencias de las normas nacionales de saneamiento, en Puerto Maldonado (la ciudad que concentra casi el 80% de la población regional) no existe ninguna planta de tratamiento de aguas servidas. Eduardo Carranza, gerente general de Emapat, la empresa municipal a cargo de las redes de agua y alcantarillado, señaló que todo el contenido de los desagües se arroja directamente al río Tambopata, sin filtración ni purificación química.