La noticia de las indeminizaciones pagadas por el Estado Peruano a procesados por terrorismo, como Lori Berenson, ha desatado la polémica y levantado serios cuestionamientos a los fallos ordenados por la Corte Interamericana de Derechos Humanos. El ministro de Defensa, Rafael Rey, calificó ese mandato de "no justo" y el presidente del Poder Judicial, Javier Villa Stein, de "cosa extraña"."No creo que [Berenson]tenga derecho a que se le paguen los supuestos gastos en los que ha incurrido por acudir a la corte [...]. A mí nadie me va a convencer de que eso es justo", declaró Rey tras lamentar que el gobierno de Alejandro Toledo se allanara a la sentencia de la corte de San José. Por su parte, Villa Stein sostuvo que "pagar al que ofende, me parece un desajuste, una cosa extraña", sin embargo precisó que esas reparaciones son para compensar algún tipo de infracción que pudiese haber sucedido a lo largo del proceso.