Desde el año 2006, la Contraloría General de la República inició una investigación a la gestión de Perupetro respecto al proceso de contratación del Lote 56 de Camisea, que concluía en que dos ministros e importantes funcionarios del gobierno de Alejandro Toledo perjudicaron al país permitiendo que se exportara el gas aunque se deje al Perú sin este importante combustible. Bajo el título "Informe Especial No. 220-2008-CG/SP-EE Examen especial a Perúpetro S.A. Proceso de Contratación del Lote 56 Período Enero 2003 - Diciembre 2004", la institución entonces dirigida por Genaro Matute, descubrió que los representantes del Estado en la negociación con Perú LNG (consorcio exportador formado por Hunt Oil y SK, al cual después entró Repsol), actuaron en contra de los criterios técnicos que conocían.
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