De junio de 2000 a abril de 2001 ejerció como presidente del Directorio de Perupetro Rafael Samaniego Bógovich, quien venía de trabajar como gerente administrativo de Petro-Tech.La denuncia consignada en uno de los cuatro informes de Contraloría que investigaron a Petro-Tech en 2007 no queda ahí. Este irregular nombramiento -ya que incumple lo establecido en la Ley General de Sociedades- es todavía más indignante si tenemos en cuenta que, antes de su designación, Samaniego era según la Contraloría la persona que representaba a Petro-Tech ante el Estado en las controversias suscitadas por el impago de impuestos de esta compañía. El resultado era de esperar. Su nombramiento "dio la posibilidad de que participara en la toma de decisiones de Perupetro en torno a la controversia que sostenía con la empresa Petro-Tech Peruana S.A. orientando dicha decisión a favor de esta última", según enuncian las conclusiones del informe de la Contraloría nº 191-2007-CG/SP.