La creación del Ministerio del Ambiente sería inconstitucional, hicieron notar congresistas de la oposición, sobre todo porque habría rebasado las facultades otorgadas al Poder Ejecutivo para facilitar la implementación del Acuerdo de Promoción Comercial Perú-Estados Unidos (también conocido como tratado de libre comercio o TLC). La presidenta de la Comisión de Descentralización, Rosa Florián, quien pertenece a las filas de Unidad Nacional (UN), señaló que la creación de un ministerio solo se puede dar con una ley que provenga desde el Congreso. Igualmente, la congresista Juana Huancahuari, del Partido Nacionalista, declaró que al Poder Ejecutivo se le había dado atribuciones para que legislara sobre la implementación del TLC, pero con la promulgación del decreto legislativo que ha creado el Ministerio del Ambiente se ha excedido en estas facultades, razón por la que el nacimiento de este organismo podría declararse inconstitucional.