El Protocolo de Enmiendas al TLC ha conllevado que diversos sectores del Ejecutivo remitan sus opiniones sobre los cambios que se generarán, opiniones que han sido remitidas al Congreso junto con el protocolo para su ratificación. Sobre el tema laboral, el Ministerio de Trabajo considera que el Protocolo introduce "modificaciones sustanciales" al capítulo laboral, principalmente al conjunto de obligaciones que deberá asumir nuestro país y a los mecanismos para la solución de controversias que se presenten.