A diferencia de las demás empresas estatales, Petroperú tomaba decisiones sin consultar a ninguna entidad supervisora, porque la legislación se lo permitía. En julio del 2006, el Congreso promulgó la Ley 28840, que la excluyó del ámbito del Fondo Nacional de Financiamiento de la Actividad Empresarial del Estado (Fonafe), que tiene el encargo de normar y dirigir dicha actividad. La citada ley fue aprobada por insistencia por el Legislativo pues el Ejecutivo había observado la autógrafa respectiva. Durante cerca de 20 años, la petrolera estatal fue manejada bajo parámetros de autonomía corporativa, que resultaron siendo muy costosos. Por ejemplo, gastó más de US$ 6,500 millones en la Refinería de Talara, endeudándose por encima de sus posibilidades de repago. Ese enorme pasivo, sumado a la gestión ineficiente de la empresa y su planilla sobredimensionada, generó un profundo deterioro operativo y financiero, que desembocó en múltiples rescates, en la forma de aportes de capital, capitalización de deudas, garantías crediticias, etc.