Una posición ambivalente expresó el portavoz del Gobierno, Alberto Otárola, en torno a la decisión, en la Comisión Permanente, para que el pleno del Congreso ponga a debate la inhabilitación de toda la Junta Nacional de Justicia (JNJ). Al término del Consejo de Ministros, el premier remarcó que "el Gobierno desde el inicio manifestó su posición clara de defensa de la independencia de los organismos constitucionalmente autónomos". Otárola reconoció la facultad del Legislativo para abrir una investigación a los magistrados de la JNJ. Sin embargo, refirió: "Como Ejecutivo, hubiéramos preferido que esta confrontación no se dé".