Durante las tres semanas que está al frente de la Fiscalía de la Nación de manera interina, Juan Carlos Villena ha realizado diferentes cambios en el Ministerio Público. Entre ellos ha dispuesto la salida de al menos 12 funcionarios de confianza de su antecesora en el cargo Patricia Benavides de fiscalías, coordinaciones de equipos especiales y puestos administrativos. Benavides fue suspendida por seis meses como fiscal suprema por la Junta Nacional de Justicia (JNJ), luego de que una investigación del Equipo Especial de Fiscales contra la Corrupción del Poder (Eficcop) a sus asesores la sindicara como cabecilla de una presunta red criminal enquista en la cúpula del Ministerio Público.