El FMI cuestionó en mayo del 2003 la autonomía del BCR al existir la posibilidad de que el Congreso pueda nombrar como directores a funcionarios del Ejecutivo. Por ello, recomendó que para reforzar la independencia de la institución esa posibilidad debería ser eliminada.Esta preocupación fue expresada en los borradores del Reporte sobre Buenas Prácticas y Transparencia Fiscal de mayo del 2003, y originó la incomodidad de los directores de entonces.Tras cartas cruzadas entre el FMI y el BCR, el organismo internacional se inhibió de hacer recomendaciones sobre el particular y se limitó a expresar en el informe final que los directores están permitidos de mantener cargos en el sector público e intereses comerciales en el sector privado, pero que por ley no deben representar esos intereses en el directorio del ente emisor.