Como representante de la compañía Peruval Corporation, Rafael López Aliaga denunció penalmente a 17 funcionarios gubernamentales que participaron en la elaboración, aprobación y emisión de un decreto supremo que modificó el Reglamento Nacional de Ferrocarriles. El dispositivo legal lo que hizo fue permitir el acceso a otras empresas al mercado ferroviario en el Cusco, que era dominado por López Aliaga. El Decreto Supremo N° 031-2007-MTC, del 29 de agosto de 2007, acabó con más de 8 años de posición de dominio de la empresa de López Aliaga en el negocio ferroviario en el Cusco, desde que el 20 de septiembre de 1999 el régimen de Alberto Fujimori le entregó la concesión de las vías ferroviarias de la región andina sureña.