La creación del Viceministerio de Gobernanza Territorial ha generado objeciones y dudas respecto a su efectividad para solucionar la gran cantidad de conflictos sociales, en su mayoría de tipo socioambiental, que soporta especialmente el gobierno nacional.Ana Leyva, de CooperAcción, cuestionó que el término "ordenamiento territorial" no esté en el Reglamento de Organización y Funciones (ROF) y que su contenido tampoco aparezca en las funciones de la Subsecretaría de Desarrollo Territorial.En cuanto a la secretaría de Descentralización dijo que "al parecer se orientará a impulsar la coordinación de los niveles de gobierno y no tanto a la descentralización en términos políticos y económicos".También advirtió que la secretaría de Gestión Social y Diálogo podría reemplazar a la Oficina Nacional de Diálogo y Sostenibilidad (ONDS). Por su parte, el ex ministro del Ambiente Ricardo Giesecke consideró que "este Viceministerio es más de lo mismo". Indicó que no encuentra cambios estructurales sino arreglos "más cosméticos".