San Marcos es la universidad peruana de gestión estatal mejor ubicada en el ranking QS World University -fundamentalmente elaborado a base de opiniones de académicos-.Sin embargo, está por debajo del puesto 700 en el mundo y es número 58 en Sudamérica. Entre otras razones, las universidades peruanas no se posicionan mejor en los rankings de clasificación internacional por su deficiente producción de investigaciones académicas, atribuida a la falta de recursos. Esta excusa, no obstante, contrasta con la pobre ejecución de los presupuestos asignados. Así, el año pasado las universidades nacionales dejaron de invertir el 53% del total que se les asignó para gasto de capital, que son las erogaciones destinadas en las entidades públicas a adquirir o producir activos tangibles e intangibles, y a inversiones financieras. A las universidades se les asignó S/ 1,302 millones en el periodo para gasto de capital, de los que no ejecutaron S/ 694 millones.Además, de los S/ 4,553 millones que recibieron las universidades nacionales como presupuesto total, dejaron de gastar un 35%, que son poco más de S/ 1,196 millones.
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