Participación indebida de autoridades, alteración del orden público y actos de proselitismo político fueron reportados por la Asociación Civil Transparencia en las ocho horas que duró la votación. Fueron 20 las denuncias registradas y comprobadas por dicha institución, sin contar con los numerosos inconvenientes que se suscitaron en la instalación y fusión de mesas.Entre las principales observaciones, se estableció que la ONPE no previó las medidas de seguridad necesarias para evitar los agravios contra el candidato de Unión por el Perú, Ollanta Humala. Sin embargo, lamentó que este diera una conferencia de prensa en la que instó a votar por su candidatura, lo que significó una clara violación a la ley electoral. Es por ello que tomaron inmediato contacto con el Jurado Nacional de Elecciones (JNE) para conocer las medidas que adoptará al respecto.Asimismo, se cuestionó las declaraciones del presidente Alejandro Toledo y las que brindó Alan García durante el tradicional desayuno con la prensa, pues consideran que tenían un sesgo político.