El último ránking de las universidades de América Latina, elaborado por la consultora británica QS, indica que ninguna casa superior de estudios del Estado Peruano se encuentra entre las 50 mejores. La única en el top 100 es la Universidad de San Marcos (UNMSM), que se sitúa en la posición 60. Esta situación ha sido asociada por algunos especialistas a la falta de investigación académica. Se aduce muchas veces que los recursos escasean, pero el canon y sobrecanon brindan ingentes montos. Sin embargo, la asignación de dichos recursos para la generación de conocimientos científicos y tecnológicos es aún escasa. De los S/.546’576.377 transferidos a 45 universidades públicas por el Ministerio de Economía y Finanzas (MEF) en el 2014, en conjunto, solo invirtieron en investigación y desarrollo S/.7’957.377, que representan apenas el 1,5% del total. Con relación al 2013, hubo un incremento de solo 0,5%. De las 45 universidades públicas que reciben canon y sobrecanon, 38 se ubican en regiones.El investigador del Instituto de Estudios Peruanos (IEP) Marcos Garfias analizó la asignación de recursos del canon en las universidades. Él concluyó que estas han mejorado la capacidad para formular proyectos de inversión. Sin embargo, estima que el gasto en investigación se mantendrá estancado, sin importar si el monto total del canon aumente o se reduzca, al menos en el próximo lustro.Para Garfias hay dos razones fundamentales que no permiten mayores inversiones en investigación con los fondos del canon: la deficiente capacidad de investigar en la mayoría de universidades y la ausencia de incentivos para que los docentes calificados se involucren en estos proyectos, pues la ley prohíbe cualquier tipo de remuneración con estos fondos.