Durante el 2001 y el 2005 la Contraloría General de la República inició 26 procesos por irregularidades al interior de la empresa estatal Petro-Perú. La mayoría de ellas están relacionadas con subvaluaciones, compras y contrataciones irregulares. En conjunto, estas acciones llevaron a un desembolso injustificado próximo a los US$56 millones. Según la relación de casos que tiene la contraloría, el principal de ellos está referido al pago de 270 pensionistas que pese a no haber cumplido con los requisitos exigidos fueron incorporados al régimen pensionario del Decreto Ley 20530 (cédula viva), lo que ocasionó pagos por error de derecho por S/. 147 millones de soles. De igual modo, están contemplados gastos no relacionados a la actividad de la empresa como la remodelación de Palacio de Gobierno, donde se contrató personal y se reconocieron gastos por materiales que les correspondía asumirlos a los contratistas.Si bien estos hechos se realizaron en los primeros años de la gestión del presente gobierno, en el 2005 también existen casos que han generado desembolsos injustificados, como el pago excesivo por US$476 mil a una empresa naviera por efectuar el servicio de cabotaje marítimo en los terminales del litoral peruano.